当高中生大木大树向暗恋五年的对象小川杠告白时，世界上所有人被不明光线石化，变成石头。3700年后，人类文明逐渐衰退。大树重获自由，他遇见了比自己早六个月醒来的好友千空，千空立志用自己的科学知识在这个“石之世界”中重建文明，他和大树利用蝙蝠粪便和葡萄酒造出能让石头人复活的硝太蚀剂（复活液），在两人遭狮群包围时，他们复活了武术高强的狮子王司，而他也杀死了狮子。之后千空透过贝壳内的碳酸钙制备氢氧化钙，混合海藻中的碳酸钠制成了肥皂，在生病等同死亡的石之世界里，保持清洁等同保命，因此肥皂就是“Dr.Stone”。虽然司起初和两人保持友善，但他主张不应复活腐败的成人，而千空的目标是复活每一个人，因此司展露出敌意。在复活杠之后，千空、大树和杠前往箱根制备火药，作为与司抗衡的底牌。由于杠被司挟持并当成人质，千空只好说出复活液的配方，之后被司打断后颈，而司则被火药逼退。这些爆炸也让在当地周遭的其他人升起了狼烟。