本书内容，以五藏山经5卷和海外经4卷作为一组，海内经4卷作为一组，而大荒经4卷以及书未海内经1卷又作为一组。每组的组织结构自具首尾，前后贯串，纲目分明。山经以山为纲，分南、西、北、东、中五个山系，以道路和方向互为经纬，有条不紊地叙述了每座山的地理位置走向及山中树木和物产，详细记载了矿产的分布，并对其颜色、光泽、硬度等详细说明，还记载了各种动植物的形态及药用价值。在叙述河流时，说明了其发源、流向以及主要水系和支流的分布情况。该书按照地区记录事物，所记事物大部分由南开始，然后向西，再向北，最后到达大陆（九州)中部，九州四围是东海、西海、南海和北海。