屏幕方面，iPhone SE的外观相比于iPhone 5s并没有明显的改变，材质上，iPhone SE也同样采用了高档铝合金材质，配备与iPhone 5s一致的4英寸1136×640像素的屏幕。
而屏幕方面，iPhone6s搭载的是4.7寸屏幕，虽然iPhone6s与iPhone 6的屏幕在尺寸，分辨率以及材质方面改变不大，但关键是iPhone6s搭载了一块与Apple Watch相似的按压式触摸屏，从平面的触摸上升到了三维层次，但与Apple Watch不同的是iPhone6s的3D Touch压力触屏功能相对于在Apple Watch上的应用会更加广范和强悍。
配置方面，iPhone SE同样采用了A9处理器和Apple Pay的支持，与iPhone 6s保持一致，提供16GB/64GB两种容量规格，处理器主频为1840MHz。而配置方面，iPhone6s搭载了一颗全新的苹果A9处理器，采用14nm制程工艺(暂不确定)，采用3核心架构，主频为1.85GHz，而GPU方面则为双核架构。
系统方面，iPhone SE搭载了iOS 9.3版本的系统。相对于iOS 9.2版本，iOS 9.3也新增了不少新特性，包括新增屏幕显示的Night Shift夜间模式以及优化和丰富备忘录、健康App和CarPay的体验。
而系统方面，上搭载的当然是全新的iOS 9。最为重要的是iOS 9对3D Touch进行了适配，让触摸体验不仅限于UI平面。
