1.性质不同：褪黑素属于一种保健品，能够缩短睡前的入睡时间，从而改善睡眠质量；安眠药属于一种处方类药物，具有镇静.催眠的作用，用于治疗因任何原因引起的失眠症状。
2.药理不同。褪黑素的作用原理是诱导睡眠，并促使机体产生激素，从而调节机体睡眠以及觉醒的周期。安眠药的作用原理是抑制机体内的中枢神经系统，降低中枢神经系统的兴奋性，使患者进入睡眠。
3.副作用不同。褪黑素是大脑松果体分泌的一种激素，补充过量会引起失眠.入睡困难等副作用。安眠药规范性的服用一般不会引起副作用，但如果服用过量则会引起头晕.头胀.中毒等不适。
